Любопытным творением ярославского церковного зодчества считается храм Николая Чудотворца. Комплекс образован двумя каменными церквями. Летняя пятиглавая церковь, построенная в период с 1665 по 1672 годы, располагается на месте древней деревянной постройки. Ярославские купцы А. Лемин и А. Лузин, а также посадские люди Ф. Выморов и С. Тарабаев стали основными заказчиками проекта. К югу от холодного храма расположился одноглавый зимний храм, посвященный иконе Тихвинской Богоматери. Его строительство началось в 1686 году и велось на пожертвования влиятельных торговцев Лузиных.
Историки считают, что свое необычное название храм получил из-за своего местоположения. Комплекс располагается в достаточно влажной и болотистой местности, неподалеку от берегов Которосли.
Конструкция имеет стандартное для того времени планировочное решение – посадская церковь, украшенная пятью главами, не имеющая подклета, окруженная рядом одноэтажных галерей. К северо-западу от одной из галерей возведена высокая звонница. Общую композицию ансамбля дополнили два придела, возведенные в честь митрополита Алексия Московского и Великомученицы Варвары.
К концу XVII столетия с западной стороны было добавлено несколько притворов с восьмигранными шатрами. Все постройки отличались пышным декором и изразцовой отделкой. Пестрые изразцовые наличники украшали алтарные окна. В качестве осветительных приборов использовались металлические паникадила, произведенные голландскими мастерами. Внутри залов имелись специально оформленные места, где молился патриарх Никон и царь Алексей Михайлович. Они отличались богатством украшений, резных элементов и орнаментов.
В 1673-74 годах, когда все строительные работы были завершены, начались мероприятия по росписи внутренних помещений храма. Уникальной росписью стен, буквально пропитанной православным духом, занимались местные умельцы. Сюжеты этих картин оказали значительное влияние на школу ярославской живописи в целом. К сожалению, не все фрагменты росписи сохранились до наших дней. Из 660 фрагментов часть была бесследно утрачена.
Храмовая роспись отображает 4 основных сюжета. Главной темой является жизнь и деятельность самого Николы Чудотворца. На остальных фресках можно увидеть известные библейские картины – Страшный Суд, «Семь таинств», Страсти Христа и прочие.
В XIX веке некоторые фрески обновились, их выполнили в современной клеевой технике. В 1970-80-е годы в обоих приделах провели реставрационные работы, отремонтировали фасады и освежили внутреннее убранство.
В конце XIX столетия, по приказу императора Николая I, храм Николая Чудотворца был отдан одному из военных ведомств. Все военнослужащие стали прихожанами Никольской церкви, впоследствии ставшей церковью Фанагорийского полка.
После 1929 года храм перестал функционировать. Приказом советской власти здесь организовали продовольственные склады. В 1992 году церковный ансамбль возвратили Русской православной церкви. Сейчас он является популярным местом среди православных верующих и гостей города.